Pärnu Koolide Sihtasutus asutati Pärnu Linnavolikogu poolt 21. septembril 2006, kui võeti vastu otsus ühendada Pärnu Hansagümnaasiumi, Pärnu Ülejõe Gümnaasiumi, Pärnu Koidula Gümnaasiumi ja Pärnu Vanalinna Põhikooli Sihtasutused uue sihtasutuse asutamisega. Ühinemisleping sõlmiti 01. veebruaril 2007 ja Pärnu Koolide Sihtasutus kanti registrisse 31. juulil 2007. Sihtasutus loodi Pärnu linna koolide majandustegevuse korraldamiseks ja selleks eraldatud sihtotstarbeliste finantseeringute vahendamiseks, millest lähtuvalt on sihtasutuse eesmärgiks:
•       koolile soodsa ja nõuetekohase õppe- ning töökeskkonna tagamine;
•       kooli varade efektiivsem ja säästlikum kasutamine.

Pärnu Linnavolikogu 20.mai 2010 otsusega nr 36 muudeti Pärnu Koolide Sihtasutuse põhikirja. Muudatuse järel on sihtasutuse ülesanneteks eesmärgi saavutamisel:
•       annetuste kogumine ning sihtotstarbeliste toetuste, eraldiste ja projekti vahendite    kaasamine sihtasutuse eesmärgi saavutamiseks;
•       koolide investeerimistegevuse ja sihtotstarbeliste finantseeringute vahendamine;
•       muu majandustegevuse arendamine, mille ülesandeks on raha ja vara hankimine    sihtasutuse eesmärkide täitmiseks.